三维超声内镜检查一般不会造成痛苦，如果出现痛苦的情况，可能是患者胆囊炎、胃肠道疾病、十二指肠疾病等原因导致，建议患者在进行检查时保持良好的心态，不要过度紧张。

1、胆囊炎：如果患者胆囊部位出现炎症，由于炎症的刺激会导致胆囊疼痛，胆囊疼痛会刺激神经，从而会引起反射性的恶心、呕吐等，所以会出现三维超声内镜检查痛苦的现象，建议患者在医生的指导下使用硫酸阿托品片、消旋山莨菪碱片等药物治疗;

2、胃肠道疾病：如果患者存在胃肠道疾病，如胃炎、胃溃疡等疾病，由于胃部黏膜受到损伤，导致局部出现疼痛的现象，所以会出现三维超声内镜检查痛苦的情况。建议患者在医生的指导下使用硫糖铝咀嚼片、奥美拉唑肠溶胶囊等药物治疗;

3、十二指肠疾病：如果患者存在十二指肠疾病，如十二指肠溃疡等，由于溃疡面受到刺激，会导致出现规律性的腹痛，所以会出现三维超声内镜检查痛苦的现象。建议患者在医生的指导下使用雷贝拉唑钠肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等药物治疗;

4、其他原因：如果患者过于紧张，可能会导致胃肠道痉挛收缩，从而会引起反射性的恶心、呕吐等症状，所以会出现三维超声内镜检查痛苦的情况。建议患者放松心情，可以听舒缓的音乐来缓解。

建议患者在做三维超声内镜检查前，需要注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻等刺激性的食物，如辣椒、肥肉等，容易影响检查结果。同时检查前一天需要空腹，以免影响检查结果。