怀孕40天超声检查疼，可能是由于过度紧张、超声检查时间过早、宫颈炎、先兆流产等原因导致。超声检查是利用超声波对人体进行检查的一种方式，有时也会使用阴道内的高频超声进行检查。

1、过度紧张：如果孕妇对超声检查过于紧张，可导致检查时出现疼痛症状。建议在检查时适当放松，不要过于紧张，必要时可在检查前适当咨询医生，通过使用镇静药物，如地西泮片等进行缓解;

2、超声检查时间过早：怀孕40天时间较短，此时孕囊发育还不稳定，超声检查时可能会由于时间较短，孕囊还没有进入宫腔，从而出现上述症状。建议孕妇适当推迟超声检查时间，一般在怀孕42天左右进行;

3、宫颈炎：病原体感染宫颈可引发宫颈炎，宫颈炎加重时可刺激宫颈表面神经，从而引起疼痛症状。如果进行超声检查，可能会出现上述症状，伴有白带异常、瘙痒等。如果没有阴道出血等异常症状，可不做特殊治疗，注意外阴清洁即可。但如果伴有出血等，建议遵医嘱使用保妇康栓等药物进行治疗;

4、先兆流产：如果由于胚胎染色体异常等原因导致孕妇出现先兆流产，此时宫缩可引发小腹疼痛，如果刚好在超声检查时出现，就可表现为上述症状，并伴有阴道出血等症状。建议遵医嘱使用黄体酮胶囊等药物进行保胎治疗，必要时可终止妊娠。

除上述常见情况外，还可能与宫外孕等原因有关。孕妇可前往医院产科就诊，在医生指导下进行血常规、超声检查等，明确具体情况后采取合适的应对措施。